1、重开发轻保护。在开发大运河，发展沿运经济的过程中，忽视文化资源、生态环境的保护，致使一些地方的文化遗产、风光景物、民俗风情、生态环境遭到不同程度破坏，使其真实性、完整性在城市化和现代化的进程中不复存在。

　　2、管理体制乱，难以形成从管理到保护的整体思路。目前大运河实行多头管理模式，如河道和航运管理由交通部门负责，防洪由水利部门负责，文物保护由文化部门负责，治理环境污染由环保部门负责，这种多头管理模式，不能对大运河综合开发保护作统筹安排，常在遇到问题时，权责不明，推诿扯皮。

　　3、运河沿岸违章建设、乱砍乱伐、违标排放等行为屡禁不止，不同程度地存在水土流失、河道淤积、水质污染问题。

　　4、对运河文化遗产缺乏足够的挖掘、整理、分析。目前缺少一个专门机构担纲运河文化的研究、挖掘和保护工作，致使对运河物质文化和非物质文化遗产的保护和研究局限在零碎的表面和局部的层面上。

　　5、对运河管理、保护缺乏专门立法。国家对长江、黄河的管理早有明确的管理法规;2006年9日，国务院出台了《万里长城保护条例》，而对大运河的管理、保护没有明确的立法，致使大运河的保护管理工作未纳入法制轨道。

　　京杭大运河保护与申遗研讨会的召开和《杭州宣言》的发表，标志着京杭大运河的保护申遗工作正式启动，这是传承人类千年文明的需要，又是发挥大运河在现代化建设中重要作用的要求，更为大运河重新焕发青春、展示价值带来千载难逢的机遇。我们认为，做好大运河的保护工作，必须以科学发展观为指导，树立一种理念，处理好四种关系，发挥好五个作用。

　　1、树立以人为本、以民为先的理念。运河两岸是沿运人民生活居住、繁衍生息的黄金宝地。保护不仅仅是为了维护现状，而是让大运河的多重价值在全中国全世界人民面前得到重新展示，让我们的子孙后代得到“母亲河”更好的滋养。因此，要把“还河于民，造福于民”作为综合保护的基本出发点和落脚点，这也是科学发展观的本质要求。

　　2、处理好四种关系。一是保护与利用的关系。保护是前提，利用是目的，只有加强对大运河这个宝贵历史遗产的保护，才能更好地延续运河文脉，传承运河文明，弘扬运河文化，让古老的运河为现代的经济社会发展服务。要克服急功近利的行为，不能不计后果的攫取运河资源，要在尊重客观规律，有利造福子孙后代的前提下，对大运河进行保护性利用。二是要处理好线与点、面的关系。大运河连缀五大水系，纵贯三大平原，它与许多支流、湖泊形成互相作用的水系，在保护大运河的同时，要加强对其它水系、支流、航道的保护。同时，要加强对运河沿岸古建筑、古镇、古村、古桥、古码头、古庙等文物的保护，使这些古迹与古运河交相生辉。三是处理好保护与开发的关系。结合城市建设、经济建设、文化建设、旅游风景带建设对大运河进行综合开发整治，本身就是对大运河的最好保护。但是，各种开发建设都要坚持实事求是的原则和科学的态度，不能凭主观想象，不能搞长官意志，更不能乱搞短期行为的“形象工程”。如修建损坏、残缺不全的古遗存，要“修旧如旧”;新建已消亡的古迹，要参考历史资料复古，使其“似曾相识”;为旅游而修复的现代建筑，也要体现运河文化的内涵。四是处理好保护物质文化遗产与非物质文化遗产的关系。大运河是活着的、流动的历史遗产，既包括河埠、堤岸、码头、桥梁、古建筑、巷弄等物质遗产，又包括地方曲艺、歌谣、民间传说故事、风俗民情等非质遗产，二者相辅相成。随着城市现代化、农村城镇化建设步伐的加快，二者都有快速消亡和流失趋势，必须进行抢救性挖掘保护。

　　3、发挥四个作用。大运河的保护工作是一项复杂的系统工程，必须调动各方面的积极性，整合人力、财力、物力多种资源，发挥社会的整体作用，建立健全大运河立体保护的长效机制。一是发挥政府的主导作用。保护大运河要以政府为主导，建立有权威的领导机构。国家由国务院牵头，建立由水利、交通、文化、建设、环保、公安等部门组成的领导机构。省、市要建立相应机构，负责统一领导，协调大运河的管理和保护工作，使之变成政府行为。二是发挥市场的配置作用。通过市场化运作，招商引资，筹备社会资金，为运河保护治理提供财力支持。三是发挥法规保护作用。国家和沿运各省、市要制定相应的法律、法规，做到有法可依。同时要把以法治运与以德治运相结合，把对大运河的保护变成沿运人们的自觉行动。四是发挥社会监督作用。适时召开运河文化研讨会，定期召开沿运城市联谊会，组织专家学者实地考察，出谋划策，并把运河治理情况定期向社会公布，接受群众监督。五是发挥舆论引导和监督作用。新闻媒体要采取多种形式，加大宣传保护大运河的重大意义，增强广大公民保护大运河的自觉性。特别教育青少年要从小养成对祖国历史遗产保护的良好道德习惯。要宣传各地保护治理运河的经验教训，先进事迹，表彰先进，鞭策后进。